Brak informacji o poprzedniej stronie.
Analiza filogenetyczna
Sylabus zajęć
Okres
Semestr -1
|
Forma zajęć / liczba godzin / forma zaliczenia
|
Liczba punktów ECTS
|
Symbol EU dla zajęć/przedmiotu | Po zakończeniu zajęć i potwierdzeniu osiągnięcia EU student/ka: | Symbole EK dla kierunku studiów |
Efekt_01 | zastosować podstawową terminologię używaną w rekonstrukcji filogenezy | |
Efekt_02 | przygotować matrycę danych do analizy filogenetycznej przy zastosowaniu formatu NEXUS dla danych morfologicznych, molekularnych i kombinowanych | |
Efekt_03 | zrekonstruować drzewo filogenetyczne przy pomocy różnych podejść metodologicznych, rozumiejąc zasady działania poszczególnych metod filogenetycznych i znając ich możliwości i ograniczenia | |
Efekt_04 | przeprowadzić i zinterpretować testy statystyczne stabilności drzewa filogenetycznego | |
Efekt_05 | odczytać matematyczny zapis drzewa filogenetycznego i graficznie opracować rezultaty analizy filogenetycznej | |
Efekt_06 | analizować metodami kofilogenetycznymi i interpretować historię powstania interakcji pomiędzy obiektami biologicznymi |
Lp. | Treści programowe dla zajęć/przedmiotu | Symbol EU dla zajęć/przedmiotu |
1. |
Podstawowe terminy stosowane w rekonstrukcji filogenezy, w tym: terminologia dotycząca cech (typy homologii i homoplazji, argumentacja cech, cechy informatywne i nieinformatywne, ważenie cech), drzewa filogenetyczne (terminologia, rodzaje drzew, sposoby graficznej prezentacji), taksony naturalne i sztuczne. |
Efekt_01 |
2. |
Przygotowanie matrycy danych: rodzaje cech, matryc danych, format NEXUS. |
Efekt_02 |
3. |
Konstruowanie drzew filogenetycznych: koncepcja zegara molekularnego w filogenetyce, UPGMA, Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, Maksymalna Parsymonia, procedury przyśpieszające obliczenia (heurystyczna, branch-and-bound), drzewa konsensusowe. |
Efekt_03 |
4. |
Poszczególne etapy komputerowej analizy filogenetycznej na przykładzie danych molekularnych: wybór markera, przyrównanie (alignment), skonstruowanie matrycy danych, parametry wejściowe, analiza komputerowa. |
Efekt_02, Efekt_03 |
5. |
Analiza statystyczna zrekonstruowanego drzewa: podstawowe parametry statystyczne drzew, metody próbkowania (jacknife i bootstrap), indeks Bremera. |
Efekt_04 |
6. |
Graficzne opracowanie drzew filogenetycznych wybranymi programami komputerowymi. |
Efekt_05 |
7. |
Analiza kofilogenetyczna: podstawowe zjawiska kofilogenetyczne, procedura BPA (Brooks Parsimony Analysis) i drzewa uzgodnione (TreeMap), statystyczna analiza rezultatów. |
Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04, Efekt_05, Efekt_06 |
Metody i formy prowadzenia zajęć |
---|
Sposoby oceniania | Symbole EK dla modułu zajęć/przedmiotu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
EK_1 | EK_2 | EK_3 | EK_4 | EK_5 | EK_6 |
Kryteria oceniania wg skali stosowanej w UAM | |
---|---|
bardzo dobry (bdb; 5,0): | |
dobry plus (+db; 4,5): | |
dobry (db; 4,0): | |
dostateczny plus (+dst; 3,5): | |
dostateczny (dst; 3,0): | |
niedostateczny (ndst; 2,0): |
Wydawnictwa książkowe
Forma aktywności | Średnia liczba godzin* na zrealizowanie aktywności | |
---|---|---|
Godziny zajęć (wg planu studiów) z nauczycielem | ||
Praca własna studenta: | ||
Przygotowanie do zajęć | ||
Czytanie wskazanej literatury | ||
Przygotowanie pracy pisemnej, raportu, prezentacji, demonstracji, itp. | ||
Przygotowanie projektu | ||
Przygotowanie pracy semestralnej | ||
Przygotowanie do egzaminu / zaliczenia | ||
SUMA GODZIN | ||
LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU |
* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut